Türk Eczacıları Birliği Merkez Heyeti tarafından seçilen Eczacılık Akademisi Yönetim Kurulu, Başkan dahil 9 kişiden oluşur. Yönetim kurulunun 4 üyesi Merkez Heyeti ve Denetleme Kurulu üyeleri içinden seçilir. Diğer üyeler ise eczacılık alanlarının değişik kesimlerinden olabilir. Yönetim kurulu 2 yıl süreyle görev yapar ve dönem içinde 6 kez toplanır. Olağanüstü durumlarda Başkan, yönetim kurulunu toplantıya çağırabilir. Toplantı sayısı 1 yıl içinde 10’ u geçemez. Akademi Yönetim Kurulu üyeleri, atama yöntemlerine göre (TEB Merkez Heyeti tarafından ) görevden alınırlar.